"SCI" - okno zaporednih vhodno/izhodnih vrat oz. SCI enote predstavljata programsko dostopni krmilni register, ki ima naslov $0010 in krmilno/statusni register z naslovom $0011. Vsebini obeh registrov lahko spreminja le program ali pa sprejem in oddaja znakov, ne moremo pa vsebin spreminjati z ročnimi vpisi v register v oknu "SCI" ali v oknu "Naslovni prostor". Vsebini obeh registrov sta v "SCI" oknu prikazani v binarni obliki. Ta prikaz je koristen, ker na ta način lahko spremljamo spremembe v registrih med izvajanjem programa, ki ga preizkušamo.

Druga dva registra, do katerih tudi nimamo dostopa na drug način kot preko programa, sta sprejemni register z naslovom $0012 in oddajni register, ki zaseda naslov $0013. Preko teh dveh registrov  in njunih vhodno/izhodnih nožic Tx in Rx je mikrokontroler povezan z zunanjim svetom.  

Za uspešno preizkušanje serijskih vrat omogoča simulator MC6803 simulacijo zunanje povezave med nožicama Tx in Rx. Tak način izberemo z zaznamkom v polju "Poveži Tx z Rx" in je primeren zato, da se vsi znaki, ki jih je program oddal preko oddajnika SCI enote vrnejo v SCI enoto in v program preko njenega sprejemnega dela. V istem programu tako lahko preizkusimo oddajo in sprejem znakov.  

Drug način preizkušanja oddaje in sprejema znakov pa omogoča simulacija oddaljenega sistema, ki nadomešča oddaljeno enoto, računalnik, s katero se naš mikrokontroler navidezno povezuje. V oddaljenem sistemu ločeno spremljamo sprejem in pripravljamo oddajo znakov v dveh registrih. Ta način je izbran, če v polju "Poveži Tx z Rx" ni zaznamka.

Sprejemni register oddaljenega sistema "Sprejem" izpraznimo pred načrtovanim sprejemom iz SCI enote s klikom na  polje "Izprazni sprejemno vrsto".

V oddajni register oddaljenega sistema "Priprava oddaje" pa si pred oddajo sporočila SCI enoti,  pripravimo sporočilo, ki ga želimo oddati. Sporočilo lahko pripravimo v obliki ASCII znakov ali pa v heksadecimalnem zapisu, kar izbiramo v polju "ASCII/hex".  Oddaljeni sistem bo pričel z oddajo sporočila po kliku na polje "Oddaj".